HealthTech : CIR, JEI et TVA — les dispositifs fiscaux clés
La création d’une direction générale dédiée à l’innovation numérique en santé, actée par le décret du 1er juillet 2026, redistribue les compétences ministérielles entre économie, santé et recherche. Pour les entreprises de la HealthTech, c’est l’occasion de faire le point sur les dispositifs fiscaux existants — Crédit d’Impôt Recherche, statut JEI, TVA — et sur les nouvelles opportunités de financement public qui s’ouvrent avec cette gouvernance réorganisée.
Crédit d’Impôt Recherche : les critères d’éligibilité pour la HealthTech
Le CIR est l’un des leviers fiscaux les plus puissants pour les entreprises innovantes. Il permet de récupérer 30 % des dépenses de R&D jusqu’à 100 millions d’euros (5 % au-delà), sous forme de créance fiscale imputable sur l’IS ou remboursable.
Quels projets HealthTech sont éligibles ?
Les travaux doivent répondre aux critères classiques de la R&D : caractère original, incertitude scientifique ou technique, démarche systématique. Dans le secteur de la santé numérique, sont généralement éligibles :
Ce qui n’est pas éligible
Le simple développement d’un logiciel SaaS standard, d’une application de bien-être ou d’une plateforme de téléconsultation sans innovation technique propre n’est pas éligible au CIR. L’administration fiscale (BOFIP – BOI-BIC-RICI-10-10) distingue strictement la R&D de la prestation de développement.
⚠️ En cas de contrôle fiscal, l’entreprise doit pouvoir justifier l’état de l’art au moment du projet, la nature de l’incertitude scientifique et les travaux menés pour la lever. Un dossier technique solide est indispensable.
Statut Jeune Entreprise Innovante (JEI) : conditions et avantages
Le statut JEI offre des exonérations de charges sociales sur les rémunérations des personnels de R&D et, depuis la loi de finances 2024, une exonération d’IS partielle sur les deux premiers exercices bénéficiaires.
Conditions d’accès
Pour bénéficier du statut JEI, l’entreprise HealthTech doit simultanément :
Ce que le statut JEI apporte concrètement
TVA applicable aux produits et services HealthTech
La TVA est une source d’incertitude fréquente dans le secteur, notamment pour les logiciels médicaux, applications de santé et dispositifs connectés.
Taux réduit de 5,5 % ou 10 %
Le taux réduit s’applique aux appareillages, équipements et dispositifs médicaux pour personnes handicapées ou malades chroniques (liste positive définie par l’article 278 quater du CGI). Certains dispositifs médicaux connectés peuvent y prétendre, à condition d’être marqués CE en tant que dispositif médical et d’être spécifiquement destinés aux personnes souffrant d’un handicap ou d’une pathologie chronique.
Taux normal de 20 %
S’applique dans les cas suivants :
Le cas particulier des DM logiciels (SaMD)
Un logiciel qualifié de Software as a Medical Device (SaMD) selon le règlement UE MDR 2017/745 peut prétendre au taux réduit s’il remplit les conditions de l’article 278 quater CGI. Mais la qualification MDR seule ne suffit pas : il faut vérifier l’éligibilité au regard des dispositions fiscales françaises, distinctes de la réglementation CE.
Nouvelle gouvernance : quelles opportunités de financement ?
Le décret du 1er juillet 2026 crée une direction générale de l’innovation numérique en santé, rattachée conjointement au ministère de l’économie et au ministère de la santé. Ce repositionnement institutionnel ouvre plusieurs perspectives pour les entreprises HealthTech :
Appels à projets et subventions
Implications comptables des subventions reçues
Les subventions d’exploitation perçues dans ce cadre doivent être comptabilisées en Produit exceptionnel (compte 77) ou en Subvention d’exploitation (compte 74) selon leur nature. Elles viennent en déduction des dépenses éligibles au CIR lorsqu’elles financent des travaux de R&D, réduisant ainsi l’assiette de calcul du crédit d’impôt.
À retenir
La HealthTech française dispose d’un écosystème fiscal favorable — CIR, JEI, TVA réduite sous conditions — mais dont la mobilisation exige une documentation rigoureuse et une analyse au cas par cas. La nouvelle direction gouvernementale dédiée au numérique en santé devrait amplifier les opportunités de financement public. Le moment est bien choisi pour auditer ses dispositifs fiscaux et s’assurer que les dossiers CIR et JEI sont correctement constitués avant la prochaine échéance fiscale.
Source : Décret n° 2026-588 du 1er juillet 2026 modifiant les attributions du ministre de l’économie, des finances et de la souveraineté industrielle, du ministre de la santé et du ministre de l’enseignement supérieur et de la recherche — JORFTEXT000054371316, Légifrance.
